Il Museo di Strumentaria medica espone nella splendida cornice della chiesa settecentesca di Santa Maria Maddalena antichi strumenti medici (dal XVII al XX secolo) provenienti in gran parte dal millenario ospedale Santa Maria della Scala, sede della Facoltà Medica, e da Istituiti universitari, che testimoniano la grande attività dell’Ateneo senese nella ricerca e nella didattica delle Scienze, con particolare riguardo all’ambito sanitario.

Alcuni percorsi espositivi dedicati alle grandi attrezzature mediche, agli strumenti per le proiezioni didattiche, alla storia della chimica sono inoltre presenti nel complesso scientifico di San Miniato.