Il Museo ha, oltre una valenza istituzionale, anche un ruolo divulgativo e didattico in favore dell’utenza esterna, come studenti delle scuole primarie e secondarie. Attraverso le collezioni mineralogiche e petrografiche sono illustrate la bellezza e la peculiarità del patrimonio geologico, ma anche i principali utilizzi cui sono destinati alcuni dei materiali geologici più diffusamente presenti oggi nel mondo civile e industriale. Il Museo sostiene anche percorsi didattici che affrontano attraverso le collezioni paleontologiche, la storia della vita e i processi tafonomici, per far comprendere il grande valore, spesso l’unicità del patrimonio fossilifero. Le collezioni antropologiche, con i numerosi crani, da tombe etrusche e medievali, sono utilizzate come elementi guida per laboratori di restauro e ricostruzioni fisiognomiche. Il Museo è poi impegnato in attività di ricerca e conservazione del patrimonio geo-mineralogico della Toscana e in particolare della provincia di Siena.