Gli spazi del Museo Anatomico sono utilizzati quotidianamente, dai docenti di Anatomia dei Corsi di Laurea Magistrale in Medicina e Chirurgia e delle Lauree delle professioni Sanitarie, per svolgere attività didattica di anatomia macroscopica e microscopica. Nella Sala delle Ossa gli studenti affrontano il primo approccio allo studio dell’anatomia attraverso la collezione di ossa umane: un vero e proprio patrimonio da conservare e tutelare con la massima attenzione poiché, con l’attuale legislazione, non è più possibile disporre di materiale umano originale come avveniva un tempo. La Sala dei Microscopi viene utilizzata per tenere lezioni di anatomia microscopica, grazie anche alla recente acquisizione di microscopi ottici dotati di telecamera digitale collegata ad un monitor.

Dall’anno accademico 2011-2012 il Museo Anatomico è impegnato nel progetto ESCAC (Educazione Scientifica per una Cittadinanza Attiva e Consapevole), realizzato dall’Università degli Studi di Siena, attraverso il Sistema Museale Universitario Senese (SIMUS), e dalla Fondazione Musei Senesi, con la collaborazione dell'Ufficio Scolastico Regionale per la Toscana - Ambito Territoriale della Provincia di Siena. Il progetto ha lo scopo di coinvolgere i giovani nel mondo scientifico, in maniera attiva e partecipata, attraverso una collaborazione tra realtà museale e istituzione scolastica.

Il Museo Anatomico si avvale della collaborazione della Sezione di Storia della Medicina per la parte didattica e della consulenza del Centro servizi di Ateneo SIMUS per la catalogazione, il restauro dei preparati e gli allestimenti espositivi.